Das Museum Kirche in Franken gibt Einblick in die Geschichte des fränkischen Protestantismus.
In ökumenischer Offenheit berücksichtigt es zugleich die gemeinsamen Ursprünge in der Antike und Mittelalter, sowie das Miteinander der Konfessionen in Franken bis hin zur Gegenwart. Das Museum bildet einen markanten Punkt in der Baugruppe Stadt des Fränkischen Freilandmuseums des Bezirks Mittelfranken in Bad Windsheim. Die Einrichtung fand ihren Platz in der aus dem Spätmittelalter stammenden Spitalkirche zum Heiligen Geist. Dieses Gotteshaus stellt selbst ein Exponat dar, anhand dessen die Geschichte kirchlichen Bauwesens und die liturgischen Funktionen eines Sakralraumes vermittelt werden. Der Dachstuhl, eine Meisterleistung der Zimmererkunst aus dem 15. Jahrhundert, ist begehbar.